Ma ona polegać na ocenie antygenu pod kątem czy jest dla organizmu groźny czy nieszkodliwy. Potrzebny jest wówczas dodatkowy „sygnał niebezpieczeństwa”, na przykład uraz, niektóre leki, proces zapalny niszczący tkanki z uwalnianiem własnych antygenów ( autoantygenów). Albo zakażenie wirusem Coxackie B4, cytomegalii, a nawet wirusem zwykłej opryszczki. Te ostatnie, na skutek podobieństwa do autoantygenu zwanego GAD 65 może uruchomić proces jego destrukcji prowadzący do cukrzycy typu I. Właśnie cukrzyce uważamy dziś za klasyczną chorobę autoimmunologiczną. Inna ważna i trudna do leczenia choroba z autoagresji to stwardnienie rozsiane(SM). W niej, na skutek podobieństwa zasadowego białka mieliny nerwowej, proces zapalny mogą uruchomić liczne bakterie i wirusy. Wymienia się wśród nich między innymi gronkowca złocistego, adenowirusy 12 i prątki gruźlicy. Najdawniej poznany mechanizm autoalergii dotyczy serca i stawów. W tak zwanej gorączce reumatycznej dochodzi do pobudzenia białych krwinek ( limfocytów) zdolnych do precyzyjnego zabijania paciorkowców, które nasz organizm rozpoznaje po tzw. antygenie M5. Jest on na nieszczęście bardzo podobny do białka obecnego w zastawkach serca. Ostry proces zwalczania bakterii z cechą M5 prowadzi więc do niszczenia zastawek i mięśnia serca niejako przez pomyłkę. Jaki jest koszt tego błędu ? Rzadko potrzeba transplantacji serca, często konieczność wymiany zastawek.

1. Podstawową formą terapii jest substytucja, gdy brakujący czynnik własny ( na przykład insulinę w cukrzycy) podajemy chorym z zewnątrz.
2. Wsród prób leczniczych wymienia się przeszczepianie wysp trzustkowych w cukrzycy.
3. Objawy auto-alergii łagodzą niesteroidowe leki przeciwzapalne ( choćby aspiryna), glikokortykosteroidy i środki immunosupresyjne.
4. W fazie prób znajduje się leczenie auto-antygenem w celu wzbudzenia naturalnej auto-tolerancji.
5. Interesującą choć nie potwierdzoną dostatecznie formą wywoływania tolerancji auto-antygenów jest inhalacja małych dawek tych substancji przez nos lub usta.
6. U chorych z SM skuteczny jest octan glatimeru, który pobudza ochronne limfocyty T.